مطالعۀ اثر افزایش شمار نشانگرها بر صحت ارزیابی ژنومی با استفاده از روشrrblup

Authors

هادی آتشی

نرجس گرگانی فیروزجاه

abstract

انتخاب ژنومی، روشی برای پیش بینی ارزش های اصلاحی، با استفاده از شمار زیادی نشانگر است. هزینۀ فراوان ژنوتیپ کردن تعداد زیادی حیوان برای تعداد زیادی نشانگر، کاربرد گستردۀ انتخاب ژنومی را محدود می کند. هدف این مطالعه، بررسی اثر استفاده از تراکم کم تا متوسط نشانگرها بر صحت ارزیابی ژنومی با استفاده از مدل rrblup بود. صفات با وراثت پذیری 10، 20 و 40 درصد شبیه سازی شد. ژنوم شبیه سازی شده دارای25 جفت کروموزوم بدنی، هرکدام با طول یک مورگان بود. شمار نشانگرها روی 25 کروموزوم،12500، 27500 و 50000 نشانگر بود که 125، 250، 500 و 1000 qtl در طول کروموزوم ها توزیع تصادفی شدند. میانگین حداقل مربعات صحت برآوردهای ژنومی، بین سطوح متفاوت وراثت پذیری و بین تراکم های متفاوت نشانگرها، متفاوت بود (p< 0.05). در صفات با وراثت پذیری کم (10 درصد)، افزایش تعداد نشانگرها در تراکم های کم (250) یا زیاد (1000)qtl بر صحت ارزیابی ژنومی تأثیر نداشت، اما در تراکم های متوسط qtl (250 و 500qtl ) صحت ارزیابی ژنومی را افزایش داد. در صفات با وراثت پذیری متوسط (20 درصد) افزایش تعداد نشانگرها بر صحت ارزیابی ژنومی تأثیر نداشت. در صفات با وراثت پذیری بالا (40 درصد) افزایش تعداد نشانگرها در تراکم های کم qtl (125) صحت ارزیابی ژنومی را افزایش داد، اما در تراکم های متوسط یا زیاد qtl (250، 500 و 1000) بر صحت ارزیابی ژنومی تأثیر نداشت.

Upgrade to premium to download articles

Sign up to access the full text

Already have an account?login

similar resources

مطالعۀ اثر افزایش شمار نشانگرها بر صحت ارزیابی ژنومی با استفاده از روشrrBLUP

انتخاب ژنومی، روشی برای پیش‌بینی ارزش‌های اصلاحی، با استفاده از شمار زیادی نشانگر است. هزینۀ فراوان ژنوتیپ‌کردن تعداد زیادی حیوان برای تعداد زیادی نشانگر، کاربرد گستردۀ انتخاب ژنومی را محدود می‌کند. هدف این مطالعه، بررسی اثر استفاده از تراکم کم تا متوسط نشانگرها بر صحت ارزیابی ژنومی با استفاده از مدل rrBLUP بود. صفات با وراثت‌پذیری 10، 20 و 40 درصد شبیه‌سازی شد. ژنوم شبیه‌سازی‌شده دارای25 جفت ک...

full text

تأثیر کاهش تراکم نشانگرها بر صحت پیش‌‌بینی ژنومی روش‌‌های پارامتری

افزایش تعداد نشانگرها (p) به تعداد مشاهدات (n)، نخستین چالش انتخاب ژنومی است (مزاحمت ابعاد؛ p >> n). لذا پژوهش حاضر با هدف امکان کاهش مزاحمت ابعاد، به بررسی تأثیر کاهش تعداد نشانگرها بر صحت پیش‌‌بینی ارزش‌‌های اصلاحی ژنومیک روش‌‌های پ...

full text

تاثیر افزایش تراکم نشانگرها بر صحت پیش بینی ارزش های اصلاحی ژنومی

در این مطالعه، ژنومی متشکل از 3 کروموزوم هریک به طول 100 سانتی مورگان شبیه سازی شد. تعداد متفاوت نشانگر روی هر کروموزم با تراکم مختلف (100 نشانگر با فواصل 1 سانتی مورگان، 200 نشانگر با فواصل 0/5 سانتی مورگان، 1000 نشانگر با فواصل 0/1 سانتی مورگان و 2000 نشانگر با فواصل 0/05) در نظر گرفته شد. 30 مکان صفت کمی یا QTL که به طور تصادفی روی کروموزوم پراکنده شده بودند، شبیه سازی شدند. جمعیتی ب...

full text

اثر بربرین در تنظیم آستروسیتهای Gfap+ ناحیه هیپوکمپ موشهای صحرایی دیابتی شده با استرپتوزوتوسین

Background: Diabetes mellitus increases the risk of central nervous system (CNS) disorders such as stroke, seizures, dementia, and cognitive impairment. Berberine, a natural isoquinolne alkaloid, is reported to exhibit beneficial effect in various neurodegenerative and neuropsychiatric disorders. Moreover astrocytes are proving critical for normal CNS function, and alterations in their activity...

full text

اثر بربرین در تنظیم آستروسیتهای Gfap+ ناحیه هیپوکمپ موشهای صحرایی دیابتی شده با استرپتوزوتوسین

Background: Diabetes mellitus increases the risk of central nervous system (CNS) disorders such as stroke, seizures, dementia, and cognitive impairment. Berberine, a natural isoquinolne alkaloid, is reported to exhibit beneficial effect in various neurodegenerative and neuropsychiatric disorders. Moreover astrocytes are proving critical for normal CNS function, and alterations in their activity...

full text

بررسی اثر تعداد qtlو تراکم نشانگری بر صحت ارزیابی ژنومی با استفاده از روش بیزی

در روش های ارزیابی و انتخاب حیوانات بر اساس اطلاعات فنوتیپی، نیاز اساسی در برآورد صحیح ارزش های اصلاحی وجود رکوردهای دقیق از صفات مورد نظر است. با گسترش ژنتیک مولکولی، امکان استفاده از اطلاعات در سطح dna و نشانگرهای ژنتیکی جهت برآورد صحیح تر ارزش-های اصلاحی و بهبود ژنتیکی سریعتر دام ها فراهم شده است. در این مطالعه جهت برآورد صحت ارزش های اصلاحی واقعی و برآورد شده از دو روش استنباط بیزی لاسو و ر...

15 صفحه اول

My Resources

Save resource for easier access later


Journal title:
علوم دامی ایران

Publisher: پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران

ISSN 2008-4773

volume 46

issue 2 2015

Hosted on Doprax cloud platform doprax.com

copyright © 2015-2023